国際連合人権理事会第二会期は二〇〇六年九月一八日から一〇月六日に開催された。
人種や宗教の違いによるヘイトクライムの増加、マイノリティの権利擁護、ジェンダーの平等、新しい理事会の仕組みなど、多くの重要な課題が論じられた。
人種差別と不寛容の特別報告者のドゥドゥ・ディエンさんは報告のなかで、二〇〇五年に日本を訪れて調査をした結果、日本はその人種差別問題に向き合い、歴史に根差した差別の構造を変革する必要があると報告した。
会期を通じて、NGO（非政府組織）は極端に発言の時間を制限された。三週間の長い期間、報告と議論を続けたのにもかかわらず、わずかの決議しかできなかった。
